1)Kanama: Özellikle, kanamanın ameliyat sonrasında durmayarak akciğerlere ve hava yollarını doldurup tıkaması,
2) Travma: Özellikle, ameliyat sırasında boyun'un aşırı gerilmresi sonucunda boyun fıtığı riski,
3) Genel anestezi sırasında gırtlağa yerleştirilen anestezi tüpünün gırtlak ve ses tellerinde tahriş ve ödem yapması (zamanla düzelir),
4) Ağrı: Ameliyat sonrasında özellikle ilk 6-12 saatte ameliyat yerinde ağrı oluşabilir (yeterli ağrı kesici kullanıldığında bu sorun önemli ölçüde giderilir),
5) Ses Kaybı: Ameliyat sırasında ses tellerine giden sinirlerin kesilmesi, koparılması veya hasarlanması sonucu gırtlağın içindeki ses telleri çalışamaz, felç olur. Ses kısıklığı, ses kaybı, uyku apnesi ve hatta ölüme kadar giden komplikasyonlar ortaya çıkar.
6) Kalsiyum bezelerinin çıkarılması Ameliyat sırasında tiroidin arka iç yüzüne yapışık, gömülü bulunan kalsiyum bezelerinin (paratiroid bezeleri) çıkarılan tiroid dokusu ile beraber alınması ve kemik erimesine neden olması
7) Gırtlak ve çevredeki dokulara zarar verilemesi: Bu tür sorunlar tiroid kanserlerinin tiroid çevresindeki damar, sinir ve gırtlağı sarması sonucunda ameliyatta bu kanserin tümünü çıkarma kaygısı nedeniyle olabilir. Ayrıca, kanserr olmayan tiroid hastalıklarında bu türden bir sorunun ortaya çıkması genellikle yeterli olamayan tecrübeye bağlı olabilir.
8) Kalıcı Kesi İzi Boyun bölgesinde ameliyata bağlı kesi izi (kolye kesisi),
9) Tiroid Krizi Zehirli guatr ameliyatlarında tiroid krizi ortaya çıkması: Tiroid krizinde hastanın ateşi aniden yükselip 42 dereceye kadar çıkabilir, kalp ritmi ileri düzeyde bozulur.Nedeni, kana aniden çok yüksek doz tiroid hormonu karışmasıdır. Bu durumda hastanın ölümü söz konusu olabilir.
10) Anestezi sorunları: Tiroid ameliyatında anestezi çok önemlidir ve genellikle bu ameliyata özgü pozisyon, ilaçlar, teknik ve malzeme kullanılır. Özellikle zehirli guatr ameliyatında hastanın kalbinin durması (fibrilasyon) görülebilir.
11) Hırsız kemik sendorumu: Özellikle zehirli gautr ameliyatı sırasında kendini belli eder, bir hafat kadar "sürebilir. İyi tedavi edilmezse hasta kalp sorunları nedeniyle kaybedilebilir.